Kann auch nur aus der Vergangenheit berichten: Bei meinem ex e32 habe ich den KLR ausbauen lassen und bei der H-Abnahme hat der Ingenieur, in dem Feld, in dem im Gutachten dann das steht, was in die Zulassungsbescheinigung kommt, den Text mit dem KLR weggelassen. Zulassungsstelle hat das 1:1 übernommen und damit war das Teil offiziell "ausgetragen". Ist aber einige Jahre her, das Auto war 88er Baujahr und hat pünktlich 2018 die H-Abnahme bekommen.
Bei meinen beiden e30 war es das gleiche Spiel mit den nachgerüsteten G-Kats. Da hat das der Prüfingenieur aufgrund der Vorlage der alten Briefe, aus denen sich ergab, dass die Autos ab Werk ohne Kat waren, genauso gemacht. Das Feld mit den Eintragungen blieb im H-Gutachten leer, Zulassungsstelle hat das übernommen, bei der Emissionsklasse/Steuerklasse steht mit der H Abnahme dann "Oldtimer". Das war aber noch vor dem e32, anno 2016 und 2017 (wie die Zeit vergeht).
Was aktuell geht und nicht geht, ist mir nicht bekannt. Wenn etwas geht, dann meiner Meinung nach nur über die H-Abnahme, da im Gutachten der Prüfingenieur recht genau reinschreibt, was die Zulassungsstelle zu übernehmen hat.